Pencemaran air telah manjadi permasalahan krusial di banyak negara dan mendapat perhatian peneliti di seluruh dunia (Huang & Morimoto 2002). Kelangkaan dan kesulitan mendapatkan air bersih dan layak pakai menjadi permasalahan yang mulai muncul di banyak tempat dan semakin menggejala dari tahun ke tahun, tak terkecuali Indonesia. wilayah Indonesia memiliki 6% dari persediaan air dunia atau sekitar 21% persediaan air Asia Pasifik (KLH 2005a), namun kecenderungan konsumsi air naik secara eksponensial sementara ketersediaan air bersih terus berkurang dengan cepat akibat kerusakan alam dan pencemaran yang diperkirakan sebesar 15-35% per kapita per tahun (KLH 2009). Kondisi ini diperparah dengan terbatasnya kemampuan mengakses dan memprediksi ketersediaan air, kualitas air, serta penggunaan dan keseimbangan air (Simonovic 2002).
Kali Surabaya yang merupakan hilir dari Sungai Brantas termasuk dalam sungai strategis Nasional. Pencemaran Kali Surabaya menjadi salah satu contoh kasus permasalahan pencemaran air yang mendapat perhatian banyak pihak dan menjadi isu nasional. Air Kali Surabaya mempunyai multifungsi yang sangat vital dalam menunjang pembangunan daerah yaitu sebagai sumber baku air minum, industri, pertanian dan sarana rekreasi air serta berperan dalam mendukung kehidupan biota perairan, sementara kualitasnya cenderung mengalami penurunan. Kualitas air sungai sangat bergantung pada jenis kegiatan yang dilakukan manusia di sekitar daerah aliran sungai. berkembangnya kegiatan penduduk di sekitar Kali Surabaya yang memanfaatkan bantaran sungai untuk pemukiman, kegiatan industri rumah tangga, dan insdustrialisasi merupakan sumber pencemaran Kali Surabaya, baik yang melepaskan zat pencemar melalui titik pembuangan (point sources) maupun sumber pencemar yang dengan letak sumber tidak jelas (non-point sources) mencemari sungai pada lokasi yang tersebar. Jenis limbah yang dihasilkan berpotensi tidak hanya menyebabkan peningkatan nilai TSS (Total Suspended Solid), BOD (Biological Oxygen Demand), dan COD (Chemical Oxygen Demand), namun yang lebih berbahaya adalah akumulasi logam berat. United State Environmental Protection Agency (USEPA) mendata ada 13 elemen logam berat yang merupakan elemen utama pencemar yang berbahaya, namun logam berat merkuri bersama timbal dan kadmium dkenal sebahai the big three heavy metal yang memiliki tingkat bahay tertinggi pada kesehatan manusia dikarenakan tingkat keracunannya yang sangat tinggi walaupun pada konsentrasi rendah (Rezazee et al. 2005).
